Оскільки 1989 рік був періодом радикальних суспільних і політичних перетворень, редакції в той час не вдалося продовжити реалізацію цього видавничого проекту. Однак попри всі тогочасні “революції” ідея не забулася і коли тільки з’явилася нагода, головний автор задуму, проф. Степан Козак, повернувся до нього, зв‘язуючи видання з Варшавським університетом, зокрема Кафедрою україністики. Завдяки субсидії університету й Міністерства освіти 1994 р. з’явився другий номер журналу. Зовнішньополітична ситуація, в якій вийшов цей другий том, була діаметрально інша – розпалася радянська імперія, змінилися геополітичні обставини, Україна стала незалежною державою. Отже, змінилися також пріоритети і завдання редакції журналу. Це ясно усвідомлював проф. С. Козак, який у вступній статті стверджував, що нові обставини вимагають радикальної зміни мислення, створення клімату діалогу, визначення своєї позиції щодо найближчого сусіда України – Польщі, а перед науковими колами постає завдання дослідити польсько-українські історичні зв’язки, щоб на ґрунті літератури, культури, мови, релігії, християнської традиції і суспільної думки віднаходити підстави для взаєморозуміння і поліпшення стосунків. Тому теж другий том Записок присвячувався польсько-українським справам, які стали базовою темою для кожного наступного числа щорічника, а сам журнал отримав підзаголовок Польсько-українські зустрічі. Третя частина заголовка – Studiа Ucrainica вказувала на україністичну спрямованість видання. Оскільки воно через спосіб фінансування зв’язане з університетом, поширилося коло його авторів і читачів, а значення часопису як наукового журналу значно збільшилося.
“Варшавські українознавчі зошити” переважно структуровані таким чином, що кожний новий випуск щорічника присвячений іншій темі. Дуже часто вони пов’язані з важливими ювілеями або подіями, такими як 400-ліття Берестейської унії (який став головною темою часопису № 4-5 за 1996 р.), 10-ліття незалежності України (число 12-13/2002), 50-ліття варшавської україністики (провідна тема журналу за 2003 р.), що досліджуються в першій частині журналу в рамках польсько-українських зустрічей. Studiа Ucrainica вміщає різноманітні дослідження з літературознавчої, мовознавчої, культурологічної україністики. Протягом вже майже 15 літ систематичного випуску журналу тут обговорювалися найважливіші культурні, політично-суспільні, релігійні події, а також найсуттєвіші питання нашої доби й визначні постаті. Серед дописувачів журналу є дослідники з Польщі і з-за кордону: Степан Козак, Михайло Лесів, Василь Назарук, Оля Гнатюк, Ґжеґож Мотика, Данута Сосновська, Аґнешка Корнієнко, Боґуміла Бердиховська, Богдан Осадчук, Микола Ільницький, Ростислав Радишевський, Тарас Гунчак, Леонід Рудницький, Микола Жулинський, Дмитро Павличко…
Часопис незмінно від першого його числа редагує варшавський україніст проф. Степан Козак, чиє розуміння розвитку літературного, культурного й історичного процесів, польсько-українських відносин знаходить віддзеркалення на сторінках журналу. Останніми роками вченому допомагають співпрацівники з Кафедри україністики Варшавського університету проф. Валентина Соболь та д-р Василь Назарук.
Останній номер збірника присвячений великому українському письменникові Іванові Франку та 150-річчю від дня народження цього галицького ерудита. Зібрані в томі матеріали є записом наукової конференції “Польсько-українські зустрічі. Іван Франко в контексті літератури, культури, історії і польсько-українських стосунків. До 150-річчя з дня народження”. Подібні конференції, присвячені різним аспектам польсько-українських відносин, щороку вже традиційно проводить варшавська кафедра україністики, а їхні матеріали систематично друкуються у збірнику.
“Варшавські українознавчі зошити” – це фундаментальне видавництво польської україністики, яке охоплює майже всі аспекти українознавчих досліджень. Це також джерело інформації про Україну, її культуру, історію та польсько-українські взаємини. Щорічник давно вже вийшов поза коло української інтеліґенції в Польщі, перетворився в авторитетний науковий журнал.